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DNA sequencing
染色質免疫共沉淀測序(ChIP seq)
來源: | 作者:geneseed | 發布時間: 2017-09-02 | 7941 次瀏覽 | 分享到:

        染色質免疫共沉淀技術(Chromatin Immunoprecipitation, ChIP)是目前研究蛋白質與DNA相互作用的有力工具和標準方法,主要應用于轉錄因子結合位點、組蛋白修飾、基因組甲基化以及核小體定位等研究。ChIP與下一代高通量測序技術相結合的ChIP-seq技術具有成本低、效率高、檢測的靈敏度和覆蓋度高等優勢,已經成為這一領域的首選技術。

        它的基本原理如圖所示:在生理狀態下,把細胞內的DNA與蛋白質交聯(Crosslink)后裂解細胞,分離染色體,通過超聲或酶處理將染色質隨機切割,利用抗原抗體的特異性識別反應,將與目的蛋白相結合的DNA片段沉淀下來,再通過反交聯(Reverse crosslink)釋放結合蛋白的DNA片段,最后對目的DNA片斷進行純化與文庫構建,再通過高通量測序的方法獲得蛋白質與DNA相互作用的信息。


 


 

ChIP-seq技術流程圖


 

樣品要求

類型:ChIP富集的DNA

物種,大小鼠(特殊物種詳詢技術支持)

?具體樣品量要求及樣本采集、保存和運輸方法請參照附錄二。

 

測序方案

測序模式 PE150

測序數據量 10Gb 


 

生物信息分析內容

1 原始數據質控檢查;

2 比對結果質控檢查;

3 測序reads全基因組分布圖;

4 ChIP富集強度評估分析

5 ChIP peak注釋分析結果展示

6 motif預測分析

7 結合峰相關基因GO功能富集分析;

8 結合峰相關基因KEGG生物通路富集分析




 

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