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DNA sequencing
微生物宏基因組測序
來源: | 作者:geneseed | 發布時間: 2017-09-02 | 6858 次瀏覽 | 分享到:



        宏基因組(
Metagenome)是環境中全部微小生物遺傳物質的總和,它包含了可培養的和未可培養的微生物的基因組。宏基因組測序是指對微生物群體進行高通量測序,通過測序數據分析特定環境中微生物群體基因組成及功能,研究微生物多樣性、種群結構、生物進化與環境之間的關系,解讀微生物群體多樣性與豐度,微生物與宿主之間的關系,發掘和研究新的、具有特定功能的基因,挖掘具有應用價值的基因資源,應用于開發新的微生物活性物質。

 

技術路線

 

樣品要求

樣品類型:Meta樣品,如糞便、土壤等或Meta DNA樣品。

物種常見有參微生物(詳詢技術支持)

?具體樣品量要求及樣本采集、保存和運輸方法請參照附錄二。

 

測序方案

測序模式 PE150

測序數據量 10Gb

生物信息分析內容

 

基礎分析  

1 物種組成和豐度統計;

2 樣品復雜度分析;

3 樣品間物種豐度差異分析;

4 基因組組裝;

5 基因組組分分析;

6 基因功能GO-COG注釋

7 基因功能KOGKEGG注釋

高級分析 

8 多樣品顯著相關因子分析;

9 與疾病相關的基因的深度分析;

10 菌群共生關系網絡構建;
11 系統進化樹構建;



高通量測序附錄

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