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RNA sequencing
全轉錄組測序服務
來源: | 作者:geneseed | 發布時間: 2017-09-02 | 9123 次瀏覽 | 分享到:



        轉錄組是指某個物種或特定細胞在某一功能狀態下產生的所有
RNA的總和,包括mRNA和非編碼RNA(Non-coding RNA)。目前研究較多的非編碼RNA又包括:circRNA,miRNAs,及lncRNAs等。基于高通量測序平臺的轉錄組測序技術能夠全面獲得物種特定組織或器官的轉錄本信息,從而進行基因表達水平研究、新轉錄本發現研究、轉錄本結構變異研究等。

吉賽生物推出的全轉錄組測序服務主要針對circRNA、lncRNA和mRNA,一舉三得,一次測序可以同時得到三者分子的表達情況,可應用于新circRNA和lncRNA預測以及已知circRNA和lncRNA表達水平研究等。

 

技術路線

 

樣品要求

 

? 樣品類型:細胞、新鮮組織、FFPE組織、血液或RNA樣品。
? 物種:人、大小鼠(特殊物種詳詢技術支持)
?具體樣品量要求及樣本采集、保存和運輸方法請參照附錄一。



測序方案

測序模式 PE150

測序數據量 10Gb 




生物信息分析內容

 

? 基礎分析:

1 原始數據質控檢查

2 比對結果質控檢查

3 基于基因表達的樣品主成分分析

4 差異基因表達及相關通路富集分析

5 circRNA預測及鑒定

6 circRNA差異分析

7 差異circRNA宿主基因的通路富集分析

8 差異circRNA的靶向miRNA預測分析

9 長鏈非編碼RNA差異分析

 

? 高級分析:

1 基于基因表達的通路活性分析

2 轉錄調控活性分析及通路互作分析

3 差異長鏈非編碼RNA的調控基因的通路富集分析

4 circRNA及靶向miRNA網絡調控制圖

 

案例展示

競爭性內源RNA網絡揭示了肺癌的復雜分子機制

Crosstalk in competing endogenous RNA network reveals the complex molecular mechanism underlying lung cancer

Oncotarget, 2017, Vol. 8, (No. 53), pp: 91270-91280

IF5.168

測序策略:全轉錄組測序(包含miRNA測序)

樣本分組:18對肺癌患者外周血及正常人外周血樣本,每3例病癥相似的樣本混合后進行RNA抽提,測序樣本為病人組6例及正常組6例,3對用于miRNA測序,3對用于全轉錄組測序。

 

        作者研究了肺癌發展的轉錄機制。本研究對肺癌病例組及健康對照組血液樣本進行RNA測序分析,識別了一系列差異表達的miRNAcircRNAmRNAlncRNA,并進行了通路富集分析。基于miRNA靶向基因作用,建立起競爭性內源RNA互作網絡,并篩選出重要節點。在肺癌患者中有59miRNA18306個基因,232lncRNA292circRNA的表達發生顯著改變(圖1)。這些miRNA與癌癥的通路、結直腸癌及癌癥的轉錄錯誤調控等癌癥相關的通路緊密相關。此外,差異表達的基因顯著富集在嗅覺轉導和神經活性配體受體相互作用這兩條新的通路上(圖2)。在競爭性內源RNA網絡中發現了5個中樞miRNA(圖3),其中在hsa-miR-582-3p hsa-miR-582-5pWnt信號通絡中顯著富集,且存在于轉錄因子調節網絡中;hsa-miR-665MAPK信號通路密切相關。WT1ETV1的轉錄因子分別由hsa-miR-657 hsa-miR-582-5p調控,并調控雄激素受體基因表達。miR-582-5pmiRNA-582-3pmiR-657可能在肺腫瘤的發展中起重要的調節作用。本研究探索了肺癌發病的新機制,助力新療法的發展。

 

1RNA高通量測序數據熱圖

A:病人組與正常組miRNA差異表達熱圖

B:病人組與正常組circRNA差異表達熱圖

 

2:差異表達基因及miRNA相關通路富集分析

 

 

3miRNA, circRNA, lncRNAmRNA競爭性內源RNA網絡互作圖









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