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5月上旬circRNA研究報道匯總
來源: | 作者:geneseed | 發布時間: 2019-05-15 | 1196 次瀏覽 | 分享到:

歡迎各位來到“circRNA研究報道匯總”欄目,本期從pubmed中檢索收集最新發布的circRNA文獻23篇,下面我們一起來看看circRNA研究有哪些新進展。


1、 迷人的環:環狀RNA研究中的沖突和爭議

論文標題:Intriguing circles: Conflicts and controversies in circular RNA research雜志:Wiley Interdiscip Rev RNA. 影響因子:5.844

通訊作者單位:華中科技大學同濟醫學院

環狀RNA(circRNA)是共價閉合的單鏈環形RNA分子,沒有5'帽或3'尾。自2013年具有里程碑意義的ciRS-7 / CDR1作為miR-7海綿發揮作用發現以來,circRNA已成為RNA研究的熱門話題。已發現CircRNA在癌癥,心血管疾病,神經障礙和許多其他疾病中發揮積極作用。它們可以作為microRNA(miRNA)海綿,蛋白質支架,甚至翻譯模板。然而,隨著circRNA研究的擴大,出現了許多不同的觀點。例如,大多數circRNA能夠作為miRNA海綿嗎?什么樣的circRNA最有可能使miRNA結合?除了作為miRNA海綿體,大多數circRNA的功能是什么?可翻譯的circRNA有哪些特征?許多研究聲稱,circRNA含量豐富,穩定,保守和特異性高,在作為生物標志物方面具有很大的潛力。然而,circRNA豐度是可變的,并非所有的circRNA都是高豐度,它們的穩定性和保存性可能因環境而異。此外,尚不清楚circRNA形成是否更可能受RNA結合蛋白或轉錄因子的調節。所有這些都是懸而未決的問題,仍有待這些領域的研究人員解答。討論和研究這些問題將促進對這類新分子的理解,并可能推動啟發未來研究的新思路。該綜述文章系統全面底探討上述circRNA相關問題,對深入認識和理解circRNA的功能機制有很好的參考借鑒意義。

 

圖注:ceRNA形成的先決條件示意圖,a:circRNA含有miRNA多個結合位點好過少個結合位點;b:miRNA靶向較少種類mRNAc:circRNAmiRNA的親和力要高于miRNAmRNA的親和力;d:circRNA綁定miRNA后可引起miRNA降解或抑制miRNA-mRNA結合。

 

2、 環狀RNA circCHFR通過miR-370/ FOXO1/Cyclin D1途徑促進血管平滑肌的增殖和遷移

論文標題:Circular RNA circCHFR Facilitates the Proliferation and Migration of Vascular Smooth Muscle via miR-370/FOXO1/Cyclin D1 Pathway

雜志:Mol Ther Nucleic Acids. 影響因子:5.66

通訊作者單位:西安醫學院

動脈粥樣硬化(AS)是一種最常見的血管疾病,是腦梗塞,腦卒中和腦梗塞缺血再灌注損傷的主要原因,其特征在于脂質代謝紊亂并且起源于內膜。在AS的發病機制中,伴隨著膠原蛋白纖維生成和脂質的積累,血管平滑肌細胞(VSMCs)的增殖是典型的高概率事件。在血管病變期間,來自中膜的VSMC的異常增殖和遷移進入內皮下層的介質引發血管重塑。此外,VSMC暴露于復雜多樣的微環境中,導致VSMC的可變性。因此,闡明VSMC參與的未知分子機制AS對于有效治療至關重要。環狀RNA(circRNA)在腦血管疾病的動脈粥樣硬化中起重要作用。然而,circRNA調節血管平滑肌增殖和遷移的深層機制仍然難以捉摸。在這項研究中,作者鑒定了一種新的circRNA——circCHFR被證實在ox-LDL誘導的血管平滑肌細胞(VSMC)中異常過表達。功能上,通過轉染siRNA沉默circCHFR后,抑制了VSMC的增殖和遷移能力。機制上,生物信息學預測和熒光素酶報告基因測定表明circCHFR充當miR-370的海綿,并且miR-370靶向轉錄因子FOXO1的3'UTR。此外,轉錄因子FOXO1可以與CCND1 mRNA的啟動子區域結合并促進細胞周期蛋白D1的表達。這一研究表明circCHFR/miR-370/FOXO1/Cyclin D1軸對平滑肌細胞和動脈粥樣硬化的重要作用。

 

 

圖注:circCHFR通過circCHFR/miR-370/FOXO1/Cyclin D1軸促進平滑肌細胞增殖和遷移


3、 環狀RNA SNX29海綿吸附miR-744通過激活Wnt5a/Ca2 +信號通路來調節成肌細胞的增殖和分化

論文標題:Circular RNA SNX29 Sponges miR-744 to Regulate Proliferation and Differentiation of Myoblasts by Activating the Wnt5a/Ca2+ Signaling Pathway

雜志:Mol Ther Nucleic Acids. 影響因子:5.66

通訊作者單位:西北農林科技大學

肌生成是一個復雜而精確的協調過程,受到多種非編碼RNA和信號通路的高度調節。環狀RNA(circRNA)在真核生物的轉錄后調控中發揮重要作用,但精確的分子作用機制仍未知。該研究中,研究者通過先前的牛骨骼肌的circRNA測序數據篩選到源自SNX29基因的circRNA——circSNX29,并進一步表征其在肌肉發育期間的調節和功能。 circSNX29的過表達促進成肌細胞分化并抑制細胞增殖。使用RNAhybrid預測顯示circSNX29可能具有9個miR-744潛在結合位點,并通過熒光素酶篩選實驗驗證,發現circSNX29直接與miR-744相互作用,miR-744的下調有效地逆轉了其對Wnt5a和CaMKIIδ的抑制。進一步,通過KEGG富集分析,Fluo-4、AM、細胞滲透-鈣離子熒光探針和WB蛋白質印跡分析,發現Wnt5a和circSNX29的過表達激活了非經典Wnt5a/Ca2+途徑。該研究的證據闡明了circSNX29在牛原代成肌細胞中作為miRNA-744的海綿起作用的調節機制,有助于我們理解circRNA-miRNA在肌生成中的作用。

 

圖注:circSNX29作為競爭性海綿吸附miR-744介導成肌細胞分化作用模式圖

 

4、環狀RNA形成中的反向剪接編碼深度學習

論文標題:Deep Learning of the Back-splicing Code for Circular RNA Formation

雜志:Bioinformatics. 影響因子:5.481

通訊作者單位:克萊姆森大學

 

環狀RNA(circRNA)是廣泛存在的一類新型內源RNA。在RNA剪接前期,外顯子的5'和3'末端可以通過反向剪接(頭對尾剪接)共價連接以形成circRNA。CircRNAs可以跨物種保守,顯示組織和發育階段特異性表達模式,與人類疾病密切相關。盡管有部分研究表明一些序列特征影響反向剪接,但circRNA形成的機制仍然不清楚。

在這項研究中,作者通過應用最先進的機器學習技術,開發了第一個深度學習模型DeepCirCode, DeepCirCode利用以核苷酸序列為輸入的卷積神經網絡(CNN),以預測人類circRNA形成的反向剪接。并且表現出優于傳統機器學習算法的優越性能,例如支持向量機(SVM)和隨機森林(RF)。通過DeepCirCode訓練學習得到的相關特征序列作為序列基序,其中一些與人類已知RNA剪接,轉錄或翻譯中涉及的基序相匹配。對這些基序的分析表明它們在RNA序列中的分布對于反向剪接是重要的。此外,一些人類基序在小鼠和果蠅中是保守的。這些發現為circRNA形成的反向剪接提供了新的見解。DeepCirCod模型構建的所有數據集和源代碼網址 https://github.com/BioDataLearning/DeepCirCode

 

圖注:DeepCirCod分析人、小鼠和果蠅中部分circRNA反向剪切位點附近保守的motif基序

 

參考文獻列表

     

序號

主要內容

論文標題

雜志

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單位

1

迷人的環:環狀RNA研究中的沖突和爭議

Intriguing circles: Conflicts and controversies in circular RNA research

Wiley Interdiscip Rev RNA.

5.844

華中科技大學同濟醫學院

2

環狀RNA circCHFR通過miR-370 / FOXO1 / Cyclin D1途徑促進血管平滑肌的增殖和遷移

Circular RNA circCHFR Facilitates the Proliferation and Migration of Vascular Smooth Muscle via miR-370/FOXO1/Cyclin D1 Pathway

Mol Ther Nucleic Acids.

5.66

西安醫學院

3

環狀RNA SNX29海綿吸附miR-744通過激活Wnt5a/Ca2 +信號通路來調節成肌細胞的增殖和分化

Circular RNA SNX29 Sponges miR-744 to Regulate Proliferation and Differentiation of Myoblasts by Activating the Wnt5a/Ca2+ Signaling Pathway

Mol Ther Nucleic Acids.

5.66

西北農林科技大學

4

環狀RNA形成中的反向剪接編碼深度學習

Deep Learning of the Back-splicing Code for Circular RNA Formation

Bioinformatics.

5.481

克萊姆森大學

5

非編碼RNA在肺癌腫瘤發生中的作用

The Function of Non-Coding RNAs in Lung Cancer Tumorigenesis

Cancers (Basel).

5.326

尤柳·哈蒂耶加努醫學和藥學大學

6

環狀RNA:系統性紅斑狼瘡疾病的新型生物標志物?

Circular RNAS: novel biomarkers of disease activity in systemic lupus erythematosus?

Clin Sci (Lond).

5.22

西班牙瓦倫西亞臨床醫學院

7

CropCircDB:針對作物應對非生物脅迫的環狀RNA資源庫

CropCircDB: a comprehensive circular RNA resource for crops in response to abiotic stress

Database (Oxford).

3.978

南京農業大學

8

ALK陽性間變性大細胞淋巴瘤中的非編碼RNA網絡

Non-Coding RNA Networks in ALK-Positive Anaplastic-Large Cell Lymphoma

Int J Mol Sci.

3.687

柏林夏里特醫學院

9

增加上游染色質長程相互作用可能有利于LysoPC激活的人主動脈內皮細胞中環狀RNA的誘導

Increasing Upstream Chromatin Long-Range Interactions May Favor Induction of Circular RNAs in LysoPC-Activated Human Aortic Endothelial Cells

Front Physiol.

3.394

費城坦普爾大學

10

Hsa_circ_0005379通過EGFR途徑調節口腔鱗狀細胞癌的惡性行為

Hsa_circ_0005379 regulates malignant behavior of oral squamous cell carcinoma through the EGFR pathway

BMC Cancer.

3.288

北京大學深圳醫院

11

在心血管疾病中長的非編碼RNA /環狀RNA-miRNA-mRNA軸研究綜述

Long noncoding RNA/circular noncoding RNA-miRNA-mRNA axes in cardiovascular diseases

Life Sci.

3.234

吉林大學第二醫院

12

分析山羊子宮內膜從著床前階段到著床階段發展過程中的circRNA表達譜

Analyses of circRNA profiling during the development from pre-receptive to receptive phases in the goat endometrium.

J Anim Sci Biotechnol.

3.205

西北農林科技大學

13

環狀RNA hsa_circ_0075828通過激活CREB1促進膀胱癌細胞增殖

Circular RNA hsa_circ_0075828 promotes bladder cancer cell proliferation through activation of CREB1

BMB Rep.

3.085

北京大學深圳醫院

14

CircRNAwrap-用于circRNA鑒定,轉錄物預測和豐度估計的分析流程

CircRNAwrap-a flexible pipeline for circRNA identification, transcript prediction, and abundance estimation

FEBS Lett.

2.999

中國科學院計算技術研究所

15

過表達circ_0005198海綿吸附miR-1294調節神經膠質瘤細胞增殖,凋亡,遷移和侵襲

Overexpression of circ_0005198 sponges miR-1294 to regulate cell proliferation, apoptosis, migration, and invasion in glioma

J Cell Biochem.

2.959

齊齊哈爾醫科大學附屬第二醫院

16

乳腺癌中環狀RNA circ_0103552預測預后不良,通過海綿吸附miR-1236促進乳腺癌細胞增殖和侵襲

Circular RNA circ_0103552 forecasts dismal prognosis and promotes breast cancer cell proliferation and invasion by sponging miR-1236

J Cell Biochem.

2.959

齊齊哈爾醫科大學附屬第三醫院

17

失調的circRNA_100876通過靶向microRNA-136抑制骨肉瘤癌細胞的增殖

Dysregulated circRNA_100876 suppresses proliferation of osteosarcoma cancer cells by targeting microRNA-136

J Cell Biochem.

2.959

南方醫科大學附屬第三醫院

18

環狀RNA rno_circ_0004002通過靶向miR-342-5p和Wnt3a在肛門直腸畸形中調節細胞增殖,凋亡和上皮 - 間質轉化

Circular RNA rno_circ_0004002 regulates cell proliferation, apoptosis, and epithelial-mesenchymal transition through targeting miR-342-5p and Wnt3a in anorectal malformations

J Cell Biochem.

2.959

中國醫科大學附屬盛京醫院

19

鑒定環狀RNA相關競爭內源RNA網絡在腭裂發展中作用研究

Identification of circular RNA-associated competing endogenous RNA network in the development of cleft palate

J Cell Biochem.

2.959

汕頭大學醫學院附屬第二醫院

20

骨肉瘤中circRNA的差異表達和生物信息學分析

Differential expression and bioinformatics analysis of circRNA in osteosarcoma

Biosci Rep.

2.899

廣西醫科大學附屬第一醫院

21

電離輻射HEK 293T細胞環狀RNA表達譜分析

Analysis of Circular RNA Expression Profile in HEK 293T Cells Exposed to Ionizing Radiation

Dose Response.

2.435

中國醫學科學院北京協和醫學院

22

人椎間盤退變中差異表達環狀RNA及生物信息學分析

Profiling and bioinformatics analysis of differentially expressed circular RNAs in human intervertebral disc degeneration

Acta Biochim Biophys Sin (Shanghai).

2.224

第二軍醫大學長征醫院

23

SpliceV:線性和環狀RNA剪接,表達和調控的分析工具

SpliceV: analysis and publication quality printing of linear and circular RNA splicing, expression and regulation

BMC Bioinformatics.

2.213

新奧爾良杜蘭大學醫學院


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